Im heutigen System der dualen Spitalfinanzierung beteiligen sich die öffentliche Hand (Kantone/Gemeinden) und die Krankenkassen getrennt und teilweise unabhängig voneinander an der Finanzierung des stationären Bereichs. Dazu hat das eidgenössische Parlament in der Wintersession 2008 die Teilrevision des KVG im Bereich Spitalfinanzierung abgeschlossen. Die Räte einigten sich in der Frühjahrssession 2008 darauf, dass sich die Kantone mit mindestens 55 Prozent und die Krankenkassen höchstens mit 45 Prozent an den Kosten für Pflichtleistungen und Investitionen der Listenspitäler zu beteiligen haben. Der Versuch, einen Richtungswechsel auf ein monistisches Finanzierungssystem aufzugleisen, bei dem die formale Finanzierungsverantwortung (Zahllast) ausschliesslich bei einem Akteur liegen würde, scheiterte am 1. Juni 2008 mit der Abstimmung über den Gesundheitsartikel.
Im Weiteren wurde in der Frühjahrssession 2008 die Einführung von Fallpauschalen bis Ende 2010 beschlossen. Damit werden Spitäler verpflichtet, nach kostengerechten, von der Verweildauer im Spital unabhängigen Tarifen abzurechnen. Der Bundesrat wurde zudem beauftragt, für die Einführung der leistungsabhängigen Pauschalen die gesetzlichen Grundlagen zur Datenbereitstellung für die Rechungskontrolle und Vergütungsabrechnung unter dem Tarifsystem Swiss-DRG zu prüfen. Seit Anfangs 2008 befasst sich die neu gegründete Aktiengesellschaft SwissDRG mit Fragen zur Datenübermittlung und Rechnungskontrolle. Eine der grössten Schwierigkeiten besteht darin, neben den Kosten auch die Qualität der Behandlung zu messen. Seit Januar 2009 sind die Änderungen des Krankenversicherungsgesetzes zur neuen Spitalfinanzierung und die Verordnungsänderungen für deren Umsetzung in Kraft, die der Bundesrat im Oktober 2008 bekannt gegeben hatte.
Mit der KVG-Teilrevision zur Spitalfinanzierung haben ab 2010 alle Versicherten künftig die freie Wahl zwischen Spitälern, die auf der Spitalliste des betreffenden Kantons aufgeführt sind. Neu werden auch Geburtshäuser im KVG explizit als stationärer Leistungserbringer anerkannt.
In einer separaten Vorlage schloss das Parlament anfangs 2008 auch die Überarbeitung der KVG-Bestimmungen zum Risikoausgleich unter den Krankenversicherer ab. Neben dem Alter und dem Geschlecht wird neu auch das erhöhte Krankheitsrisiko berücksichtigt. Als Kriterium dafür gilt ein Spital- und Pflegeheimaufenthalt im Vorjahr von mehr als drei Tagen. Der Einbezug eines Morbiditätsfaktors wurde in der Beratung abgelehnt, wird gegenwärtig jedoch vom Bundesrat als Messgrösse überprüft.
Seit der Einführung des KVG besteht zwischen Versicherern ein auf zehn Jahre befristeter Risikoausgleich, der in der Folge bis 2017 verlängert wurde. Damit werden Kosten zwischen Kassen mit überdurchschnittlich vielen teuren Versicherten und solchen, welche in der umgekehrten Situation sind, ausgeglichen. Die Summe der Abgaben an den Ausgleichsfonds entspricht den ausbezahlten Beiträgen, was oftmals als Nullsummenspiel kritisiert wird.
