Im Juni 2004 beauftragte der Bundesrat das Eidgenössische Polizei- und Justizdepartement (EJPD) eine breit angelegte Vernehmlassung zum Vorentwurf für eine Teilrevision des Patentgesetzes durchzuführen. Noch vor Ende des Jahres lag der Entwurf für eine Patentgesetzrevision vor. Weil die Akte zur Revision des Europäischen Patentübereinkommens (EPÜ) jedoch rascher als erwartet in Kraft treten musste, wurde deren Ratifizierung vorgezogen. Infolgedessen wurde die Patentgesetzrevision vom Bundesrat in drei Tranchen aufgeteilt.
Teil 1:
In einem ersten Teil schlug der Bundesrat dem Parlament vor, die zwei Abkommen, welche die oben genannten Anpassungen des europäischen Patentsystems regeln, zu genehmigen und das Schweizer Patentgesetz entsprechend anzupassen. Dieses revidierte europäische Patentübereinkommen ist seit dem 13. Dezember 2007 in Kraft. Die Botschaft zur Ratifizierung der Europäischen Akte sowie des fakultativen Sprachenübereinkommens waren am 18. Mai 2005 vom Bundesrat zuhanden des Parlaments verabschiedet und in der Wintersession 2005 von beiden Räten angenommen worden.
Teil 2:
Das revidierte Patentgesetz ist am 1. Juli 2008 in Kraft getreten. Gleichzeitig wurde auch der Patentrechtsvertrag vom 1. Juni 2000 wirksam. Die Inkraftsetzung des Patentgesetzes und die Ratifizierung des Patentrechtsvertrags erforderten zudem eine Änderung der Patentverordnung. Der zweite Teilaspekt der Revision des Patentgesetzes über die Änderung zum Schutz biotechnischer Erfindungen war im Parlament während der Sommersession 2007 von beiden Räten gutgeheissen und der Patentrechtsvertrag genehmigt worden. Die Referendumsfrist zur Patentgesetzrevision lief im Oktober 2007 ungenutzt ab.
Strittig war im Parlament der Artikel 8c des Patentgesetzes, der den Patentschutz bei Gensequenzen regelt. Eine Minderheit im Ständerat wollte, dass der Patentschutz eingeschränkt wird. Der Nationalrat hatte zuvor beschlossen, dass Sequenzen von Genen unter eingeschränkten Voraussetzungen patentierbar sind. Konkret sollen Patente zugelassen werden, wenn die Sequenz oder Teilsequenz technisch bereitgestellt und ihre Funktion angegeben wird. Die Revision des Patentgesetzes sieht des Weiteren vor, im Gesetz ein breites Forschungsprivileg zu verankern. Ausserdem ist vorgesehen, die Doha-Erschliessung der WTO umzusetzen. Der Patentanmelder soll zudem verpflichtet werden, in der Patentanmeldung Angaben über die Quelle einer genetischen Ressource zu machen. Durch das Versuchsprivileg sollen Generikahersteller die Möglichkeit erhalten, alle Handlungen, die für die Zulassung eines Arzneimittels vorausgesetzt sind, bereits vor Patentablauf durchzuführen, um unmittelbar nach Patentablauf mit dem Generika auf den Markt zu gelangen.
Nicht im Rahmen der Patentgesetzrevision behandelt wird die Frage der Parallelimporte. Beide Räte sprachen sich dafür aus, die Thematik der Parallelimporte aus der Vorlage der Patentgesetzrevision herauszulösen und separat zu behandeln (siehe Politdossier Parallelimporte). Der Bundesrat hat dazu dem Parlament am 21. Dezember 2007 eine entsprechende Botschaft unterbreitet, wobei er am Prinzip der nationalen Erschöpfung im Patentrecht festhält.
Teil 3:
In der Frühjahrssession 2009 hat das eidgenössische Parlament den dritten und letzten Teil der Patentgesetzrevision abgeschlossen. So wurden die Differenzen beim Patentgerichtsgesetz bereinigt und die Vorlage in der Schlussabstimmung angenommen. Der Nationalrat war dafür auf die Linie des Ständerat eingelenkt, womit künftig sowohl die Haupt- als auch nebenamtlichen Richterinnen und Richter von der Bundesversammlung gewählt werden. Zuvor wollte der Nationalrat abweichend vom Vorschlag des Bundesrats, dass alle Richterinnen und Richter von einer Gerichtskommission gewählt werden. Das neue nationale Spezialgericht soll für Fragen rund um Patentverletzungen zuständig sein. Aufgrund der geringen Anzahl an Patentstreitigkeiten können heute nur wenige kantonale Gerichte das notwenige Fachwissen aufbauen.
Auch die Vorlage zum Patentanwaltgesetz wurde in der Frühjahrssession 2009 bereinigt und von beiden Räten angenommen. Mit dem Patentanwaltsgesetz soll die Berufsbezeichnung "Patentanwältin" bzw. "Patentanwalt" künftig geschützt und nur Personen mit nachgewiesener Fachkenntnis gestattet werden.
Die beiden Gesetzesvorlagen sollen eine effektive sowie qualitativ hochstehende Beratung und Rechtsprechung in Patentsachen sicherstellen. Sie fördern den Innovationsprozess und tragen zur Stärkung des Innovationsstandorts Schweiz bei.
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